Trong bất cứ thời điểm nào trong năm, ở một nơi nào đó, luôn có những vụ thu hoạch Arabica và Robusta.
Tại Việt Nam, Arabica các vùng được thu hoạch rải rác từ Tháng 9 đến Tháng 2 năm tiếp theo; vụ Robusta thì muộn hơn một ít thời gian. Tuy nhiên sẽ không có một thời điểm thu hoạch chính xác vì còn tùy thuộc vào kỹ thuật trồng của từng vùng. Việc thu hoạch cà phê phải được cân nhắc giữa hai khía cạnh: về chất lượng sản phẩm và chi phí thu hoạch. Tình huống lý tưởng là thu hoạch tất cả các quả cà phê đủ độ chín với ít thiệt hại nhất có thể cho cây.
Thu hoạch cà phê có hai phương pháp chính là thu hoạch thủ công và thu hoạch bằng máy.
Trong đó, việc thu hoạch bằng máy sẽ chia ra hai loại: sử dụng máy cầm tay hoặc máy cơ giới. Tuy nhiên, chỉ có những nơi có địa hình bằng phẳng mới có thể áp dụng máy cơ giới. Ngoài ra, chi phí máy móc có công nghệ hiện đại còn cao làm hạn chế khả năng đầu tư của người nông dân trồng cà phê trên thế giới.
Riêng những vùng trồng cà phê của Việt Nam, chịu ảnh hưởng cả điều kiện kinh tế và đặc thù địa hình nên cũng vẫn áp dụng phương pháp thủ công để thu hoạch là hái chọn lọc và hái tuốt chùm.
Selective Harvesting - Hái chọn lọc/ lựa
Hái chọn lọc là việc chọn hái những quả cà phê đạt chất lượng tốt nhất.
Trong mỗi mùa vụ, mỗi cây được thăm hái nhiều lần, mỗi lần chỉ hái chọn lọc những quả có đủ độ chín, cấp độ chín được quyết định theo từng phương pháp chế biến hoặc kỹ thuật chế biến của mỗi trang trại.
Quả chín không bị sâu bệnh gây hại thì phẩm chất sẽ rất cao, tố chất hương vị sẽ vô cùng phong phú. Cách hái không tuốt cành mà chỉ ngắt từng quả nhằm bảo vệ cây để cho năng suất mùa sau.
Tuy nhiên cách làm này tốn nhiều công sức, thời gian. Vì vậy cách thu hoạch này thường chỉ áp dụng cho những loại cà phê cao cấp. Hầu hết các quốc gia sản xuất cà phê chất lượng cao đều sử dụng phương pháp hái chọn lọc.
Strip Harvesting - Hái tuốt chùm
Thu hoạch tuốt chùm là việc loại bỏ các quả cà phê có trên cành cùng một lúc, dù chín hay chưa.
Đây là phương pháp thu hoạch thường được dùng tại các nhà vườn ở Việt Nam.
Thường chỉ có một đợt tuốt trong mỗi mùa vụ, nhà vườn không tuân thủ cố định tiêu chuẩn nào về tỷ lệ chín của cây mà chỉ phụ thuộc vào nhân công, thời tiết, đơn đặt hàng hay giá hạt nhân xanh của thị trường thu mua mà quyết định thời điểm tuốt.
Cách thu hoạch này đơn giản là dùng một tấm bạt sạch lớn trải bên dưới tán cây, xung quanh gốc và tuốt. Sau đó loại cành cây, lá cây rụng và dồn quả cà phê vào các bao tải đưa về khu chế biến.
Thu hoạch cà phê bằng cách này khá nhanh, chi phí thấp nếu không cần phân loại xanh chín theo màu. Đối với sản phẩm cần phân loại, quả sẽ được đưa vào máy bắn màu tự động.
Các quả với độ chín khác nhau sẽ được tách biệt cho quá trình chế biến để đảm bảo chất lượng và đáp ứng các nhu cầu của thị trường tiêu dùng khác nhau.
Một số lưu ý:
Trong quá trình thu hoạch cà phê, chú ý không nên làm gãy cành hay tuốt quá nhiều lá, nhất là đối với những chùm lá và mầm hoa ở ngay đầu cành vì như vậy sẽ làm ảnh hưởng đến năng suất của vụ sau.
Với những quả chín rụng dưới đất phải được lượm sạch để tránh lây lan nấm bệnh.
Sau khi thu hoạch không được chất đống cà phê tại vườn, cũng không nên giữ cà phê trái trong thời gian quá 24 giờ trong bao vì cà phê sẽ bị lên men, làm giảm chất lượng.
Hạt cà phê phải được phơi trên bạt hoặc nền gạch, không phơi trên đất. Sau khi thu hoạch về nếu không kịp phơi thì đổ hạt cà phê lên nền gạch thoáng mát, sạch sẽ, không đổ dày quá 30 – 40 cm.